一、审计程序与计划

在虹口经济开发区注册的分公司进行财务审计时，首要的步骤是确定审计程序与计划。审计程序与计划的制定应当充分考虑公司的规模、业务特点以及所处行业的特殊性。审计人员需要了解公司的业务模式、财务结构和内部控制措施，以便设计出符合实际情况的审计计划。

其次，审计程序与计划还应当考虑到审计风险的评估。虹口经济开发区的分公司可能会面临不同的审计风险，如管理层的诚信问题、内部控制的缺陷或者涉及到的复杂交易等。审计人员需要根据风险评估结果，调整审计程序与计划，以确保审计工作的有效性和全面性。

另外，审计程序与计划的制定还需要考虑到法律法规的遵循和审计准则的要求，确保审计工作的合规性和专业性。

二、内部控制评价

在虹口经济开发区注册的分公司进行财务审计时，内部控制评价是一个至关重要的环节。审计人员需要对公司的内部控制制度进行全面评价，以确定其有效性和可靠性。

内部控制评价包括对公司的内部控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通以及监督机制等方面的评估。审计人员需要通过审计程序，收集相关证据，对这些方面进行评价，并形成评价意见。

内部控制评价的结果将直接影响到审计程序与计划的制定和执行。如果发现公司的内部控制存在重大缺陷，审计人员可能需要增加相应的审计程序，以确保审计工作的全面性和有效性。

三、会计记录与凭证

在虹口经济开发区注册的分公司进行财务审计时，审计人员还需要对公司的会计记录与凭证进行审查。会计记录与凭证是反映公司财务状况和业务活动的重要依据，其准确性和完整性直接影响到审计工作的结果。

审计人员需要通过审查公司的会计记录和凭证，核实财务信息的真实性和可靠性。这包括对公司的会计政策、会计核算方法以及财务报表的编制过程等方面的审查。

在审计过程中，如果发现公司的会计记录与凭证存在不合规或者不完整的情况，审计人员可能需要增加相应的审计程序，以确保审计工作的全面性和有效性。

四、审计报告与意见

最后，在虹口经济开发区注册的分公司进行财务审计时，审计报告与意见是审计工作的最终成果。审计报告是审计人员对公司财务报表真实性和合规性的总结，其中包括对财务报表的审计意见。

审计报告应当清晰、准确地表达审计人员对公司财务报表的审计意见，并对公司的内部控制提出必要的建议和改进意见。

审计报告的准备过程需要严格按照审计准则和法律法规的要求进行，确保审计报告的合规性和专业性。审计人员应当在审计报告中客观、公正地反映审计工作的结果，不偏不倚地表达自己的审计意见。

综上所述，虹口经济开发区注册的分公司进行财务审计时，应当从审计程序与计划、内部控制评价、会计记录与凭证以及审计报告与意见等方面进行全面审查。只有做到这些，才能保证审计工作的全面性、有效性和专业性。