一、建立完善的内部管理制度

在虹口经济开发区注册公司后，建立完善的内部管理制度是保护商业秘密的首要步骤。首先，公司应该制定明确的保密政策，规范员工在处理商业秘密时的行为准则，包括对商业机密的定义、分类、存储、传输和销毁等方面的规定。其次，建立权限管理制度，明确员工对商业秘密的访问权限，确保只有有需要的员工才能接触敏感信息，同时实施严格的权限审批和监控机制。

此外，公司还应该加强对员工的保密培训，提高员工对商业秘密保护意识，教育他们识别、处理和保护商业秘密的方法和技巧，防止因员工过失或不当行为导致商业机密泄露的风险。

二、加强技术保护措施

除了内部管理制度，加强技术保护措施也是保护商业秘密的重要手段。公司可以采取加密技术、访问控制技术、水印技术等，对商业机密进行加密存储和传输，防止未经授权的访问和篡改。同时，建立健全的信息安全管理系统，定期对系统漏洞进行检测和修补，确保公司信息系统的安全稳定运行。

另外，公司还可以考虑使用专利、商标、版权等知识产权保护技术，将商业创新转化为法律保护的资产，有效防止商业秘密被侵权或盗用。

三、加强合同约束和法律保护

在与合作伙伴、供应商、客户等各方签订合同时，加强合同约束是保护商业秘密的重要手段之一。公司可以在合同中明确商业秘密的定义和保密义务，规定各方在合作过程中对商业秘密的保护和使用限制，建立违约责任和法律救济机制，确保商业秘密得到有效的法律保护。

同时，公司还应该密切关注相关的法律法规，及时了解和遵守知识产权法、商业机密法等相关法律法规，依法维护自身的商业秘密权益，通过法律手段追究侵权者的责任。

四、建立监督检查机制

最后，建立监督检查机制是保护商业秘密的关键环节。公司应该建立专门的保密管理部门或委员会，负责对公司商业秘密保护工作进行监督和检查，及时发现和纠正保密管理中存在的问题和漏洞。同时，定期开展保密检查和内部审计，评估商业秘密保护工作的有效性和合规性，及时调整和改进保密管理措施。

此外，公司还可以通过委托第三方机构进行安全评估和认证，获取独立的保密管理意见和建议，进一步提升商业秘密保护水平。

综上所述，建立完善的内部管理制度、加强技术保护措施、加强合同约束和法律保护、建立监督检查机制是在虹口经济开发区注册公司后有效处理商业秘密保护的关键措施。公司应该根据自身实际情况，综合运用多种手段，全面提升商业秘密保护水平，保障公司的核心竞争力和长期发展。