在虹口经济开发区注册的公司在处理税收追溯与申报方面需要遵循一定的程序和规定，以确保税务合规和经营顺利。以下将从多个方面对这一问题展开详细阐述。

一、税收政策了解

1、公司应当及时了解虹口经济开发区的税收政策，包括各项税收优惠政策、税率调整情况以及相关法律法规的更新。

2、通过咨询税务部门、雇佣专业税务顾问等途径获取最新的税收政策信息。

3、定期对公司的税收政策了解情况进行评估，确保公司在申报过程中符合相关政策要求。

二、准确记录财务数据

1、建立完善的财务会计制度，确保各项税收相关数据的准确记录，包括收入、支出、资产负债情况等。

2、加强内部审计，及时发现和纠正可能存在的财务数据错误或不一致情况。

3、确保税务申报所需的财务数据真实可靠，避免因数据错误导致的税收追溯和处罚。

三、合规申报流程

1、按照虹口经济开发区税务部门规定的申报时间节点，准备好相关的税务申报材料。

2、严格按照规定的申报流程和要求填写相关表格，如增值税、所得税等税种的申报表。

3、确保申报材料的真实性和完整性，如有疑问及时与税务部门沟通并核实。

4、对于可能存在的历史税收追溯问题，及时向税务部门进行说明和申报，积极配合相关调查和核实工作。

四、税务风险评估与管理

1、定期对公司税务风险进行评估，包括可能存在的税收追溯风险、税务合规风险等。

2、采取有效措施降低税务风险，如加强内部控制、建立健全的税务合规管理制度等。

3、及时关注税务部门发布的相关通知和风险提示，做好应对准备。

综上所述，虹口经济开发区注册的公司在处理税收追溯与申报方面，需要充分了解税收政策、准确记录财务数据、严格遵循合规申报流程以及进行税务风险评估与管理。只有这样，公司才能够有效应对税收追溯的挑战，确保经营活动的顺利开展。