一、专利保护

在虹口经济开发区注册自动化公司时，专利保护是至关重要的。首先，公司需要审慎地评估其自动化技术和产品是否具有独创性，是否可以申请专利保护。如果有，及时申请专利可以确保公司在市场竞争中的领先地位。此外，对于已获得的专利，公司需要积极维护和管理，及时应对侵权行为，保护自己的创新成果。

其次，公司还应该注意避免侵犯他人的专利权。在研发新产品或技术时，要进行全面的专利检索，确保不会侵犯现有的专利。此外，与其他公司签订合作协议时，也要明确双方的知识产权归属，避免发生纠纷。

最后，公司可以考虑建立专利战略，根据市场需求和竞争对手的情况，有针对性地申请专利，提升自身在行业中的竞争力。

二、商标保护

除了专利保护，商标保护也是注册自动化公司需要重点关注的方面之一。公司的商标是其品牌形象和信誉的象征，保护商标可以防止他人滥用公司的品牌，造成混淆和损害。

在虹口经济开发区注册公司后，公司应该尽快注册和申请自己的商标，并及时更新维护。此外，公司还应该密切关注市场，及时发现并应对侵权行为，维护自己的商标权益。

另外，公司还可以考虑将商标注册扩展到其他国家或地区，以保护自己在全球范围内的品牌形象。

三、版权保护

在虹口经济开发区注册自动化公司还需要注意版权保护。公司的软件代码、设计图纸、技术文档等作品都属于版权保护范畴，需要通过版权登记等方式加以保护。

公司应该建立完善的版权管理制度，明确员工在知识产权方面的义务和责任，加强内部知识产权意识和保护措施。同时，公司还可以考虑与合作伙伴签订保密协议，确保自己的商业机密不被泄露。

此外，公司在推广产品时，要注意控制产品信息的传播渠道，防止他人非法复制和传播公司的作品。

四、保密措施

除了以上提到的知识产权保护措施外，保密措施也是注册自动化公司必须重视的方面。公司的核心技术、商业机密等信息如果泄露，将严重损害公司的利益和竞争力。

因此，公司应该建立健全的信息保密制度，对核心技术和商业机密进行严格管理和保护。员工在离职或转岗时，要签署保密协议，保证不泄露公司的机密信息。此外，公司还可以利用技术手段加密和保护重要数据，提高保密效果。

最后，定期对公司的保密措施进行评估和改进，及时调整适应市场和技术环境的变化，保障公司的长期发展。

综上所述，注册自动化公司在虹口经济开发区需要关注多个方面的知识产权保护措施，包括专利保护、商标保护、版权保护和保密措施等。通过制定合理的保护策略和措施，公司可以有效地保护自己的知识产权，提升竞争力，实现可持续发展。