一、税务登记与申报

在虹口经济开发区注册公司，首要考虑的税务问题之一是税务登记与申报。公司成立后，必须按照相关法规完成税务登记手续，包括纳税人识别号等。同时，还需要按规定及时向税务部门申报各类税种，如增值税、所得税等。未按时完成税务登记和申报，可能会面临罚款甚至被注销企业登记的风险。

另外，需了解当地的税收政策，如是否享有税收优惠政策、减免政策等，以便合理规划税务筹划，降低税负。

二、增值税纳税

针对在虹口经济开发区注册的公司，增值税纳税是一个重要的税务问题。根据国家税收政策，不同行业、不同类型的企业适用不同的增值税税率，需要根据实际情况正确适用税率，并按时缴纳增值税。

此外，还需了解增值税专用发票的开具要求及规范，以及增值税发票的认证、报销等相关流程。

三、企业所得税申报

在虹口经济开发区注册的公司，需要关注企业所得税的申报问题。企业所得税是公司利润的税收，需要按照相关法规进行计算并申报缴纳。了解企业所得税的税率、减免政策等内容，有助于企业合理规划财务，降低税负。

同时，还需要注意企业所得税的年度汇算、税前扣除等政策，确保税务申报的准确性和合规性。

四、跨境业务税务处理

对于在虹口经济开发区注册的公司，如果涉及跨境业务，还需要考虑跨境业务税务处理的问题。跨境业务涉及到进出口税收、跨境支付税务等方面，需要了解相关的税收政策和规定。

此外，对于涉及跨境投资或跨境合作的企业，还需要了解双边税收协定等国际税收方面的规定，以避免双重征税等问题。

五、税务合规与风险防范

在虹口经济开发区注册的公司，需要重视税务合规与风险防范工作。加强内部税务管理，建立健全的税务制度和流程，确保税务申报的准确性和及时性，是防范税务风险的重要举措。

同时，及时了解税法法规的更新和变化，避免因为税法变化而导致的税务风险。可以通过定期开展税务培训、聘请专业税务顾问等方式，提升公司税务合规意识和水平。

六、税务审计与应对措施

最后，对于在虹口经济开发区注册的公司，还需要考虑税务审计及应对措施。税务审计是税务部门对企业税务申报情况的检查和核实，企业应做好相关准备工作，配合税务部门的审计工作。

同时，建立完善的税务档案和记录，及时整理和归档相关税务资料，以备税务审计时使用。如发现税务问题，应积极配合税务部门进行整改，并及时采取应对措施，降低税务风险。

综上所述，在虹口经济开发区注册公司，需要考虑的税务问题涉及税务登记与申报、增值税纳税、企业所得税申报、跨境业务税务处理、税务合规与风险防范、税务审计与应对措施等多个方面。企业应加强税务管理，提高税务合规意识，合理规划税务筹划，降低税务风险，确保企业的可持续发展。