一、合理配置公司业务结构

在虹口经济开发区注册的公司，在合理配置业务结构方面可以采取多种策略。首先，可以通过合理选择业务类型和行业，避免高税收的行业或领域。其次，可以通过建立子公司或关联公司，将不同业务分拆，以利用不同地区或国家的税收政策优势，最大限度地降低整体税负。

此外，公司可以利用跨境投资、兼并收购等方式，将利润转移至税收优惠地区或国家，避免高税收地区的税负。同时，公司也可以通过合理设置跨国企业的运营结构，合理安排资金流动，以避免被视为避税行为而引发税务风险。

最后，公司可以积极参与当地政府的税收优惠政策，例如在虹口经济开发区享受的各项税收减免政策，以降低企业的税负。

二、合规遵循当地税收法规

在虹口经济开发区注册的公司，必须严格遵循当地税收法规，以规避税收风险。首先，公司应及时了解并遵守当地税收政策和法规，包括税收申报和缴纳等方面的要求。

其次，公司应建立健全的税务管理制度和内部控制机制，确保税务申报的准确性和及时性，避免因税务违规而产生罚款或其他不利后果。

此外，公司还应积极与税务部门沟通合作，及时了解税收政策变化和优惠政策，以便及时调整经营策略和税务规划，最大程度地降低税收风险。

三、合理运用税收优惠政策

在虹口经济开发区注册的公司，可以合理运用各项税收优惠政策，以降低税负并规避税收风险。首先，公司可以充分利用当地的税收减免和优惠政策，例如享受所得税、增值税等税收优惠。

其次，公司可以通过创新和技术研发等方式，申请科技型企业认定或高新技术企业认定，从而享受相应的税收优惠政策。

此外，公司还可以积极参与当地政府的产业扶持和发展计划，以获得额外的税收优惠和支持，进一步降低税收风险。

四、建立合理的跨境税务筹划机制

针对在虹口经济开发区注册的公司，建立合理的跨境税务筹划机制是规避税收风险的重要措施。首先，公司可以通过合理设置跨国企业的资金流动和转移定价策略，避免跨境利润转移导致的税务争议。

其次，公司可以积极利用双重税收协定和其他国际税收协定，避免因跨境投资或跨境交易而产生的双重征税或税收争议。

此外，公司还可以合理规划跨境融资结构和利润 repatriation 方案，最大程度地降低跨境税务风险，确保合规经营。

综上所述，针对在虹口经济开发区注册的公司，合理规避税收风险的关键在于合理配置公司业务结构、合规遵循当地税收法规、合理运用税收优惠政策以及建立合理的跨境税务筹划机制。

通过以上措施，公司可以有效降低税收风险，提高经营效益，实现可持续发展。