在虹口经济开发区注册仪器公司后，需要向多个部门进行报备。这些部门包括但不限于：

1. 工商局

首先，仪器公司需要向当地工商局进行报备，申请工商营业执照。在报备过程中，公司需要提供相关的注册资料，包括公司名称、法定代表人信息、股东情况等。工商局将对公司的注册信息进行审核，审核通过后颁发营业执照，方可合法经营。

此外，如果公司涉及到特殊行业或产品，可能还需要向相关部门提交特许经营许可证或行业资质证书。

2. 税务局

注册后，仪器公司还需要向当地税务局进行报备登记，申请税务登记证。税务局将核实公司的纳税人身份，并根据公司的经营情况确定税种和税率。公司需按时足额缴纳税款，确保合规运营。

此外，对于涉及进出口业务的仪器公司，还需要向海关进行报备，办理进出口许可证和相关手续。

3. 劳动局

为了保障员工权益，仪器公司需要向当地劳动局进行报备，申请劳动用工相关证件。公司需提供员工的劳动合同、社保缴纳证明等材料，并遵守劳动法规，确保员工的合法权益。

同时，公司还需关注劳动局发布的劳动保障政策，及时调整公司的人力资源管理制度。

4. 环保部门

作为一家生产型企业，仪器公司需要向环保部门进行报备，申请环保验收证书。公司需提供生产过程中可能产生的污染物排放情况，并提交环境保护设施的建设方案。环保部门将对公司的环保措施进行审核，确保生产活动符合环保标准。

此外，公司还需每年定期向环保部门提交环保报告，报告生产活动中的环保数据，以及环保设施的运行情况。

综上所述，仪器公司在虹口经济开发区注册后，需要向工商局、税务局、劳动局、环保部门等多个部门进行报备。这些报备程序不仅是合法经营的必要手续，也是保障企业和员工权益、环境保护的重要举措。